與抗生素一樣，有機酸也有抗菌作用。這些酸可以穿透細菌的細胞壁，破壞某些類型細菌的正常生理活動，包括沙門氏菌、大腸桿菌、梭菌、李斯特菌和一些大腸菌。因此，當給動物飼喂有機酸時，某些種類的腸道常見細菌和致病菌的數量可能減少。有機酸被認為可以通過減少微生物對養豬營養物質的競爭、降低亞臨床感染的風險、降低腸道免疫反應和減少有害細菌化合物的產生來提高動物整體生長性能。有機酸降低胃pH值，將無活性胃蛋白酶原轉化為有活性的胃蛋白酶，抑制致病菌的增殖，且可作為胃腸道的能量來源，幫助胃排空率，提高內源性酶的分泌和螯合礦物質，這些都在下面內容中討論。

降低胃pH值

      有機酸在家禽體內的主要作用是抗菌，而在豬體內的主要作用是降低胃的pH值。在豬胃里，蛋白質消化開始于胃蛋白酶的作用，而胃粘膜分泌胃蛋白酶原作為酶的前體。胃蛋白酶原在pH 2.0時迅速轉化為胃蛋白酶，但在pH 5.0至6.0時轉化緩慢。反過來，胃蛋白酶在pH值2.0到3.5的酸性環境中作用效果好，在pH值3.5以上的環境中，胃蛋白酶的活性迅速下降。胃中的碳水化合物水解是通過唾液淀粉酶的作用進行的，與胃蛋白酶相反，一旦pH值降至3.5，淀粉酶就會失活。

       降低斷奶仔豬日糧的酸結合力有助于減輕斷奶時從母乳到固體飼料轉變的應激。斷奶后胃pH值升高，導致飼料消化減少，然后在后腸內發酵，可能引發腹瀉。胃的高pH值也會使病原體存活，并使它們有更大的機會進入消化道。

抑制致病菌

        據報道，乳酸可以降低胃的pH值，抑制產腸毒素大腸桿菌的增殖，在提高豬的生產性能方面比其他有機酸更有效。

        斷奶仔豬從母乳向固體代乳料或者教槽料過渡，會擾亂腸道菌群平衡，對胃腸道功能產生不利影響。眾所周知，與消化液的快速流動相關聯的低pH值可以減少腸道微生物的定植。

       事實上，動物和植物與不同的細菌共生，可以保護宿主不受致病菌的定植，調節腸道的發育或為宿主生產維生素和激素，而有些細菌也會引起疾病。然而，腸道內細菌的存在通常也會導致宿主動物和細菌菌群對營養物質的競爭。細菌還分泌有毒化合物（如有毒氨基酸分解物），降低脂肪消化率，刺激吸收上皮細胞快速周轉，需要腸道杯狀細胞增加粘液分泌率，刺激免疫系統發育和炎癥反應。所有這些影響都會導致生長性能受損，研究表明，豬飼料中多達6%的凈能會流失到微生物群中。

       因此，不僅需要控制可能的有害細菌，而且要保持腸道內細菌數量的平衡。很久以前，人們就發現有機酸可以通過減少某些不耐酸的細菌種類(如大腸桿菌、沙門氏菌和彎曲桿菌)來改變腸道菌群，從而提高生長性能。有機酸對革蘭氏陽性菌有較強的抑制作用。這是由于革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌的結構差異造成的。一般來說，細胞的細胞質被細胞質膜包圍。細胞質膜上覆蓋著一層厚的細胞壁層，主要由肽聚糖組成，并與胞外多糖、壁酸和壁酸相連。革蘭氏陰性菌的肽聚糖層比革蘭氏陽性菌的肽聚糖層要薄得多。然而，革蘭氏陰性細菌被一層額外的外膜包圍，由于外膜中存在脂多糖和脂多糖的特性，使細菌對疏水性抗生素和洗滌劑具有固有的抵抗力。

        當仔豬在斷奶過程中面臨著從液體轉變到固體飼料的應激時，如果胃pH值沒有降低，大腸菌就會隨著乳酸菌的減少而占菌群優勢地位。據報道，胃內的酸性條件有利于乳酸菌的生長，通過阻斷粘附位點或產生乳酸及其代謝物來降低胃pH值，從而抑制大腸桿菌的定植和增殖，達到抑制病原體的作用。多數有機酸具有較強的殺菌性能。非解離有機酸能穿透細菌細胞，破壞細菌的正常生理機能。當未解離的有機酸滲透到細菌中時，它們被解離成H+和陰離子(A-)(圖1)。這一作用進一步降低了細菌的內部pH值，抑制了pH敏感大腸菌群、梭狀芽孢桿菌、李斯特菌的生長，因為這些細菌不能忍受細菌內部和外部胃的pH值的大范圍變化。另一方面，像乳酸菌和雙歧桿菌這樣的非pH敏感性細菌可以耐受這些內部和外部pH的變化。非解離的有機酸不能被腸道上皮吸收。

        有機酸既能抑菌又能殺菌。由于未分解的有機酸是親脂的，它們可以穿過革蘭氏陰性細菌的細胞膜，例如沙門氏菌。一旦進入細胞,胞質pH值越高導致酸分離,釋放氫離子, 從而降低細胞內pH值。微生物的新陳代謝依賴于酶的活性，而酶的活性在pH值較低時就會降低。為了恢復平衡，細胞必須利用能量通過H+ - ATPase泵將質子排出細胞膜，使細胞質pH值恢復正常。經過一段時間暴露在有機酸中，這足以殺死細胞。

       據報道，酸化劑通過降低食物的pH值和緩沖能力來促進有益細菌的生長，同時抑制病原體的生長，從而改善腸道健康。含有有機酸的日糧緩沖能力降低，減少了有害微生物的定植。