有機酸可通過解離出的酸根離子或者氫離子進入細菌細胞膜內使胞內滲透壓增加，內環境的酸值降低，導致細菌正常代謝紊亂，甚至裂解死亡，間接降低有害細菌的數量  。

例如 檸檬酸 、甲酸 、乳 酸 等，此類有機酸飼料添加劑可在水產動物的腸胃中起作用。其中，檸檬酸（ C 6 H 8 O 7 H 2 O ）是一種酸性較強的有機酸，可以解離出 3 個 H + ，抑菌效果較好，能夠作為飼料酸化劑。

有機酸不僅可以降低環境中的 pH 值，還可以通過破壞細菌細胞膜、干擾細菌酶的合成、影響細菌 DNA 的復制等達到抑菌的目的。如甲酸（ Formic acid ）它可以破壞細胞膜的通透性、阻礙細胞的分解和合成等，使細菌處于休眠狀態甚至死亡。

有機酸可以在胃內促進有益微生物如乳酸菌類的生長，使其在適宜的條件下充分繁殖。乳酸菌數量增多后會奪取大量的養分和空間，破壞大腸桿菌等必要生存條件而致其死亡。有機酸（二甲酸鉀）還可有效抑制水產動物體內病原微生物大腸桿菌（ Escherichia ）、沙門氏菌（ Salmonella ）等有害菌的增殖，從而達到防止水產動物疾病和促進生長的目的。

有機酸的抑菌方式可分為體外抗菌和體內抑菌，不同有機酸抑菌機理有相似之處，也各有不同。有機酸對水產病原菌副溶血弧菌（ Vibrio parahaemolyticus ）、嗜水氣單胞菌（ Ae-romonas hydrophila ）、熒光假單胞菌（ Pseudomonas fluorescens ）具有顯著持續的抑制作用。

有機酸以水體潑灑的方式進入養殖環境中，通過吸附、氧化或者絡合 Pb 、 Cd 、 Cu 、 Zn 等重金屬，緩解重金屬的毒性。

不同有機酸作用于重金屬鎘的試驗結果表明，酒石酸、草酸、甲酸、檸檬酸、乙酸都有利于重金屬 Cd 2+ 向交換態轉變，在一定范圍內質量摩爾濃度增加，解毒效果越好，其中檸檬酸和乙酸的效果最好。

有機酸除了能一定程度地降解重金屬外，還可增加水中的氧氣，改善黃顙魚的厭食癥狀。此外，有機酸還可使養殖廢水中的分子氨轉化為 NH 4 + ，然后結合氨離子生成穩定的銨鹽，降低水中有毒氨的毒性。甲酸和檸檬酸等還可加速污染水質中磷的轉化。