胃腸道內大多數有害菌群生長的適宜pH值都是中性偏堿，如大腸桿菌適宜的pH值為6.0~8.0，而像乳酸桿菌等有益菌群則適宜于在酸性環境中生長繁殖。酸化劑進入畜禽胃腸道以后通過降低pH值，能促進乳酸菌等有益菌的生長繁殖，同時改變有害菌群的生存環境，能抑制或直接殺滅有害菌群如大腸桿菌、沙門氏菌、葡萄球菌和梭狀芽孢桿菌等。
研究表明，大量研究發現，二甲酸鉀能減少動物消化道內各種微生物的數量，尤其能減少大腸桿菌、沙門氏菌等致病菌的數量，改善動物腸道微生物菌群結構。可到達小腸前段的二甲酸鉀中有效成分有足夠高濃度以發揮抑菌作用，而同時降低了消化道pH值。其獨特的抗微生物效果基于在腸道內解離出來的甲酸和甲酸鹽的綜合作用。其中非解離型的甲酸分子能穿過細菌細胞壁進入細胞內使內容物pH值下降。細菌細胞漿pH接近7，有機酸一旦穿透微生物細胞膜進入細胞，便在其細胞內分解產生H⁺，能夠降低或抑制細胞內酶(脫羧酶和過氧化氫酶)的活性，并影響微生物蛋白質和核酸的代謝，破壞或延緩其營養物質的轉運系統，導致微生物不能繁殖，甚至死亡，從而抑制微生物生長(Roth和Kirchgessner,1998^[19]；Partanen和Mroz,1999^[20])。甲酸鹽陰離子在細胞壁外能分解細菌細胞壁蛋白質，同樣起到殺菌作用。這種抗菌作用也減少了微生物代謝物的產生和對腸道的損害，促進動物腸道健康。