微生物群在腸道健康中具有重要功能，它可以通過附著在上皮壁中的粘液層，形成保護上皮細胞的屏障。許多共生菌和致病菌粘附于粘液層中的復合碳水化合物里。

腸道粘液中的微生物對腸道健康起到重要作用

而共生細菌的粘附，會防止條件性致病菌的定植。這是腸道粘液層的定植抗性或保健作用。微生物群中的細菌會產生多種不同的化合物，包括維生素（維生素K和B族維生素），揮發性脂肪酸（乙酸、丁酸和丙酸），有機酸（乳酸）和抗菌化合物（細菌素）。微生物群為動物提供了保護和營養。

良好的腸道健康對家禽養殖實現目標生長速度和飼料轉化率是非常重要的。Garcia等（2007）報道，與對照組（絨毛高度1088um）相比，肉雞飼糧中添加甲酸的絨毛最長（添加甲酸0.5%和1.0%組的絨毛高度分別為1273和1250 um）。類似地，還是在這個試驗中，飼喂含甲酸（1%）飼糧的肉雞空腸隱窩深度比抗生素組更深（266 Vs 186 um）。因此，添加甲酸會同時增加腸絨毛高度和隱窩深度。已經證明短鏈脂肪酸可以刺激正常隱窩細胞的增殖，促進健康組織的周轉和維持。

揮發性脂肪酸和乳酸也具有高效的抗菌活性，特別是對革蘭氏陰性病原體如大腸桿菌和沙門氏菌非常有效。因此，若能在大腸中擁有產生這些酸良好環境，有利于保持動物健康。

由微生物群產生的幾種代謝物，也會刺激腸道中的神經內分泌細胞，因此，微生物群對腸道功能的內分泌調節中起著重要作用。腸道微生物群通過促進飼料的最佳消化和吸收，調節能量代謝，預防粘膜感染，調節免疫系統，對宿主體內穩態起到調節作用。

反之，如果微生物群失衡，就會出現微生態失調的情況。微生態失調，會導致細菌病原體，如豬禽中的沙門氏菌和家禽中的彎曲桿菌的生長，導致人類食品的污染。在家禽中，菌群失調也表現出腸屏障滲漏和腸道炎癥。