平衡穩定的微生態環境對防止動物疾病很重要。幾種病原菌生長的適宜 pH 值都中性偏堿，如大腸桿菌適宜 pH 值為 6.0-8.0，鏈球菌為 6.0-7.5，葡萄球菌為 6.8-7.5，梭狀芽孢桿菌為 6.0-7.5，而乳酸桿菌等適宜于酸性環境生殖。因此，酸化劑通過降低胃腸道pH 值可抑制有害微生物繁殖，減少營養物的消耗和細菌毒素的產生，同時促進有益菌的增殖。除了降低腸道 pH 值外，有機酸還有另一種殺滅病原菌的作用機理。有機酸進入動物胃腸道內后有一部分解離產生氫離子，從而降低 pH 值，而另外一部分則不解離而是以分子形式存在。只有這部分以分子形式存在的有機酸能通過細菌的細胞膜而進入到細菌內部。在細菌細胞內 pH 值為中性，所以有機酸分子會在此解離產生氫陽離子和羧根負離子。氫陽離子會降低細菌細胞內 pH 值，而細菌要維持正常的生命就必須將細胞內 pH 值保持在 7.0 左右，因此細菌細胞要通過 H+-ATP 泵將氫陽離子排到細胞外，這個過程消耗大量的能量（ATP），從而使得細菌失去活力。另一方面，羧根負離子可以抑制細菌細胞核內的 DNA 和蛋白質的合成過程使得細菌不能繁殖下一代(Stratford& Anslow,1998；Russel&Diez-Gonzales,1998；Roeetal.,1998)。因此酸化劑的直接殺菌效果取決于酸的解離程度，解離程度越低的酸殺菌效果越強，解離程度越高的酸直接殺菌效果越差。一般來說，無機酸（如磷酸）的解離程度很高，因此其直接的殺菌作用差；有機酸解離程度低，殺菌效果則相對較強。而有機酸當中不同的有機酸的殺菌作用也存在差異，其中檸檬酸、乳酸因解離程度比其它有機酸高而殺菌效果較差，甲酸、乙酸、丙酸的殺菌效果較好。因此甲酸、乙酸、丙酸是比較理想的具有殺菌作用的有機酸。另外酸化劑的作用還取決于酸的濃度和分子數，濃度越高，分子數越多，其作用效果越好，因此大分子有機酸的殺菌效果比較差。

此外，研究表明，由小分子有機酸組成的復合有機酸具有比單項小分子有機酸更強的抑菌作用。R?ssler（1997）測試了甲酸、乙酸、丙酸、延胡索酸、檸檬酸和乳酸的對大腸桿菌的最低抑菌濃度，發現甲酸的有效抑菌濃度最低，即抑菌效果最好，其次是丙酸、乙酸和延胡索酸，而乳酸和檸檬酸抑菌效果最差。他們還發現，甲酸與丙酸的復合物抑菌能力是甲酸或丙酸單酸的 2-4 倍。